这个故事开始于1866年一件闹的满城风雨的怪事，许多船只在海上发现了海怪，法国生物学家阿罗纳克斯教授受邀请追逐怪兽，但在追捕过程中不幸落水，被困到“怪物“的脊背上。其实这怪物并非什么独角鲸，而是一艘构造奇妙的潜水船。潜水船是在大洋中的一座荒岛上秘密建造的，船身坚固，利用海洋发电。
船长邀请阿罗纳克斯教授及其他的朋友作海底旅行，开始了他们充满传奇色彩的海底之旅。鹦鹉螺号的主人尼摩船长是个性格阴郁，知识渊博的人，他们一道周游了太平洋、印度洋、红海、地中海、大西洋以及南极和北冰洋，遇见了许多罕见海底动植物，还有海底洞穴、暗道和遗址，其中包括著名的沉没城市亚特兰蒂斯，这个拥有与希腊相当的历史文化的文明古国。阿罗纳克斯教授在航行中流露出了他对尼摩船长出类拔萃的才华与学识的钦佩。
书中都包容了大量的科学，文化和地理，地质学知识。但在引人入胜的故事中，还同时告诫人们在看到科学技术造福人类的同时，重视防止被坏人利用、危害人类自身危机的行为；提出要爱护海豹、鲸等海洋生物，谴责滥杀滥捕的观念。而这些至今仍然是很热门的环保话题。
《海底两万里》经过了35年千千万万的读者还有时光流逝的考验并没有使它的锐气磨减，反而更肯定了它的价值，我觉得它在文学史上之所以屹立是因为它从头至尾贯穿的两个字“幻想“。“幻想”自古以来便是推动社会发展的力量的源泉。而至今天，事实证明作者儒勒·凡尔纳的一切幻想或是推理都是有现实作为基础的，在他的时代，人们还没有发明可以在水下遨游的潜水艇，甚至连电灯都还没有出现，在这样的背景下，凡尔纳在《海底两万里》中成功的塑造出鹦鹉螺号潜水艇，并在小说发表25年后，人们制造出的真实的潜水艇，与小说描写的大同小异，这是怎样的预见力。
还有里面所提到的，例如:海底森林，穿越海底隧道(阿拉伯海底地道，苏伊士下面一条通往地中海的地道)，一块沉没的陆地(大西洋洲)，在未来世界，一切幻想皆成为了现实。而尼摩般长说了这样一句话:”人类进步的实在是太慢了。”幻想其实便是进步的翅膀。
100多年前的人的幻想，而在100多年后成便成为了现实，而一百多年后的人的幻想又将在一百多年后成为现实，探索是无止境的。而《海底两万里》作为一本不是凭空捏造而是远见加博学累积成的小说，不但为对海底知识了解不详尽的读者解读了他们的旅程，更让后人看到了古人的智慧与文明。整部小说动用大量篇幅，不厌其烦地介绍诸如海流、鱼类、贝类、珊瑚、海底植物、海藻、海洋生物循环系统、珍珠生产等科学知识，成为名副其实的科学启蒙小说。
